Antes de chegarmos ao dia 28 de Setembro de 1998, é preciso saber o que aconteceu um pouco antes de Raccoon City ser dominada por armas biológicas. Após o Incidente na Mansão Spencer (fatos do primeiro Resident Evil), Chris Redfield está procurando incriminar a Umbrella pelo ocorrido na Mansão e acabam não coneguindo porque o próprio RPD (Raccoon Police Departament - Departamento de Polícia de Raccoon City) estava subestimado a Umbrella. Jill Valentine, parceira de Chris, o visita e nesse encontro, Chris mostra pistas que havia conseguido sobre a fabricação de um novo vírus que estava batizado de "G-Vírus".
Dia 28 de Setembro, Jill Valentine está em seu apartamento traçando planos para sair de Raccoon City que já estava dominada por zumbis. O vazamento do T-Vírus proporcionou uma terrível destruição em Raccoon que nem mesmo a Polícia em parceria aos mercenários da Umbrella conseguiram conter. Jill sai de seu apartamento e então começa sua noite de pesadelos. No caminho, encontra o piloto da equipe Alpha do S.T.A.R.S., Brad Vickers. Ele diz a Jill que alguma coisa monstruosa estava atrás dele e de todos os outros membros do S.T.A.R.S. Ela segue para o RPD a fim de se equipar, mas antes mesmo de entrar na delegacia, Brad aparece desesperado e com ele um monstro enorme e assustador. O monstro era ninguém mais que o Nemesis T-Type, uma arma biológica criada a partir dos outros projetos de Tyrants da Umbrella com traços do T-Vírus junto ao parasita NE-Alpha o que dá uma certa inteligência artificial, já que o NE-Alpha controla o Sistema Nervoso de uma vítima dando habilidades a Nemesis de usar armas, regeneração celular e obedecer ordens (nesse caso, matar todos os membros do S.T.A.R.S. já que eles eram os únicos que sabiam a verdade sobre a Umbrella e o ocorrido na Mansão Spencer). Jill consegue despistar Nemesis dentro da delegacia e ao se equipar com armas e com seu lockpick, decide sair e seguir em frente pelas ruas de Raccoon.
Andando em Raccoon, Jill encontra um mercenário latino-americano da U.B.C.S. (Serviço de Contenção Biológica da Umbrella), chamado Carlos Oliveira. Ele se apresenta e percebe que Jill se desespera ao dizer que ele fazia parte de um grupo tático da Umbrella, mas ele diz que a missão deles era de assegurar e salvar os sobreviventes que estariam pela cidade. Ela revela que o Incidente em Raccoon City é culpa da Umbrella e Carlos apenas insiste que ele foi enviado pela empresa para proteger civis. Isso é o bastante para que a policial perceba sua inocência e acredite nele. Mais a frente, Jill encontra com um homem chamado Nicholai Ginovaef, outro mercenário da Umbrella. Supostamente, seria enviado para proteger civis assim como Carlos, mas na verdade, sua missão em Raccoon era de coletar dados dos danos das armas biológicas e enviá-los a Sergei Vladmir, Comandante de Guarda da empresa. Jill diz a Nicholai que era membro dos S.T.A.R.S. e que por isso havia sobrevivido durante o incidente já que ele se surpreendeu por ver uma pessoa como ela viva. Jill encontra outro mercenário da Umbrella, Mikhail Victor, ex-militar do Exército Vermelho da URSS e que foi capturado pelo governo, mas se destacou em combate sendo promovido a mercenário da Umbrella. Nicholai diz que seu plano era de chegar até uma torre com um relógio para fazê-lo tocar e o helicóptero resgatar o grupo, porém a torre estava longe e demoraria muito se fossem a pé. O grupo se separa e vão atrás de recursos para fazer um bonde funcionar e levá-los até a torre.
Vendo que Jill poderia desvendar os verdadeiros intuitos de Nicholai em Raccoon City, o mercenário decide forjar sua morte para operar pelas sombras. O grupo consegue fazer o bonde funcionar e enquanto vão a torre, Nemesis invade o bonde. Mikhail toma a atenção de Nemesis e destroi uma parte do bonde estourando uma granada perto de Nemesis. Jill e Carlos chegam a Torre do Relógio. Explorando o local, ela consegue fazer o relógio tocar e desce para o jardim da torre esperando ser resgatada. O helicóptero aparece e vai descendo para aterrissar, mas Nemesis aparece e destrói o helicóptero. Nemesis acaba infectando Jill com o T-Vírus. Após uma breve luta, Nemesis cai no fogo dos destroços, enquanto isso, Carlos aparece e leva Jill para uma capela.
Na madrugada do dia 01 de Outubro, Jill acorda novamente, ainda infectada. Com medo do vírus agir rapidamente em seu corpo, Carlos vai para um hospital perto da torre onde consegue fazer uma vacina a partir de relatórios deixados por cientistas da Umbrella. É no local que Carlos se depara com Nicholai prestes a assassinar Tyrell Patrick, outro supervisor, tudo para que Nicholai saísse do incidente sozinho e recebesse todos os benefícios para ele. Quando vai deixar o Hospital, Carlos encontra bombas deixadas por Nicholai espelhadas e tem que sair correndo antes do Hospital inteiro explodir. Carlos cura Jill que acorda só depois de algumas horas e ao acordar fica surpresa por Nemesis ainda estar vivo.
Jill e Carlos seguem em frente e descobrem que Raccoon City seria destruída por um míssil nuclear ao amanhecer. Em uma das instalações da Umbrella, Jill encontra Nemesis novamente e trava uma batalha contra a B.O.W. Com pouco tempo antes do ataque nuclear, Jill encontra Nicholai que havia roubado um helicóptero e tenta matar Jill. Ela tenta negociar com ele e Nicholai sai da cidade com o helicóptero. Após isso, Jill encontra Nemesis de novo com o corpo cheio de mutações e decide usar um canhão que havia no local para matar a criatura.
"You want S.T.A.R.S.? I'll give you S.T.A.R.S.!" - Jill Valentine mantando Nemesis
Segundos antes do míssil chegar, um helicóptero chega e resgata Jill e Carlos. O piloto deste helicóptero era Barry Burton, grande amigo de Jill e que a acompanhou durante os fatos do primeiro game. Raccoon City é completamente destruída após isso.