Após o desastroso Incidente na Mansão, ocorrido em julho de 1998, os S.T.A.R.S. sobreviventes relatam o evento para o chefe de polícia, Brian Irons. O superior, comprado pela Umbrella, decide arquivar o caso, o que resulta em uma revolta no time especial da polícia. Os sobreviventes também tentam relatar o caso e o perigo que a multinacional farmacêutica Umbrella representava para Raccoon City. Sem êxito, Chris Redfield decide viajar para a Europa onde investigaria a corporação mais a fundo. Enquanto isso, Jill Valentine permanece em Raccoon com suas investigações na cidade. Porém, suas pesquisas começam a incomodar Irons ao ficarem cada vez mais profundas e isso acaba gerando em uma suspensão de Jill com a ordem da policial permanecer em casa, sendo vigiada dia e noite por agentes de Irons e da Umbrella.
28 de Setembro, 8:07 P.M.
Jill Valentine acaba de acordar de mais um pesadelo em seu apartamento. A sua suspensão acabou tornando-se um inferno em sua vida. A policial vinha sofrendo de insônia, alucinações, falta de apetite entre outros problemas. Os pesadelos ficavam piores a cada noite assim como a preocupação excessiva de Jill estar infectada pelo T-Vírus. Pois como não sabia como ocorria, exatamente, o processo de infecção do agente biológico, era incerto dizer se o vírus poderia estar incubado em seu organismo.
Após o sonho, Jill recebe uma ligação. Ao atendê-la, percebe que é seu colega de trabalho, Brad Vickers, piloto da Equipe Alpha dos S.T.A.R.S. Desesperado, ele pede para que Jill saia às pressas de seu apartamento. Entretanto, no momento que ela está para sair, é surpreendida por um monstro que destrói a parede de sua casa. A monstruosidade gritava a sigla "S.T.A.R.S." e isso foi o suficiente para saber que aquele sujeito seria uma nova grande ameaça para a agente. Correndo do monstro, Jill consegue sair de seu prédio e é quando encontra-se com Brad. Mais que isso, é quando percebe o desastre que Raccoon City estava. Destroços por todo lado, carros capotados, prédios pegando fogo, civis correndo desesperados e zumbis famintos por todo canto.
Na correria, Jill corre com Brad até o Bar Jack, onde o colega é mordido por um zumbi. Sem querer acreditar no que acabaria de acontecer, Brad tem de insistir para que Jill deixe-o e continue seguindo em frente. A decisão é difícil, mas lamentando, ela deixa Brad e segue até encontrar o corpo de um policial. Sabendo que sua fuga pudesse ser complicada, Jill pega uma arma, bolsos de munição e um coldre do cadáver do policial para enfrentar os horrores de Raccoon.
Passando por um beco, Jill é notada por um helicóptero de resgate. O piloto pede para que ela siga até o topo de um estacionamento coberto perto da Delegacia de Polícia. Antes de chegar ao estacionamento, Jill acaba passando em um armazém onde se depara com Dario Rosso, um civil de Raccoon tomado pela raiva e desespero. Ela tenta convencer o homem a juntar-se a ela e irem até o estacionamento, mas Dario se tranca dentro de um contêiner afirmando que preferia morrer de fome ali do que ser comido por um dos mortos-vivos. Sem outra escolha, Jill segue ao estacionamento onde presencia a queda do helicóptero de resgate. Logo após o acidente, o monstro que a perseguia em seu prédio, retorna. Dessa vez, ao invés de fugir, Jill decide usar um carro e atropelá-lo. Porém, a policial acaba perdendo o controle do veículo e capota o carro.
Apesar do acidente, o monstro continuava vivo. Enfraquecida, Jill sai do carro para tentar fugir do monstro. Mas o carro explode e junto a explosão, é revelado o rosto da monstruosidade Nemesis T-Type, uma arma biológica criada pela Umbrella e enviada para Raccoon City com o objetivo de eliminar todos os membros sobreviventes do S.T.A.R.S. uma vez que o conhecimento deles sobre a Umbrella era grande demais. Por ironia do destino, Nemesis é atingido por um foguete de Carlos Oliveira deixando a arma biológica desnorteada. Foi o tempo necessário para que Carlos resgatasse Jill e a levasse para a estação de metrô de Redstone.
É na estação de metrô onde Carlos apresenta-se como um mercenário da U.B.C.S. (Serviço de Contenção Biológica da Umbrella). Por um minuto, Jill fica furiosa ao saber o lado do jovem que chega até mesmo a questionar o que havia de errado com a Umbrella. Jill não hesita em demonstrar todo o seu ódio informando que a corporação era a responsável por infectar toda a cidade. Ao chegar no metrô, Carlos apresenta Jill para Mikhail Victor, líder do esquadrão da U.B.C.S. Mikhail conta que seu time havia sido acionado para resgatar civis, porém a missão acabou ficando mais difícil do que pensavam. Ele afirma que se conseguirem acionar a energia do metrô, poderiam evacuar alguns civis da cidade e que precisava de ajuda para isso. Jill decide ajudá-los.
No caminho da subestação de energia do metrô, Jill se depara com Murphy Seeker, outro mercenário da U.B.C.S. gravemente ferido. Quando ela tenta ajudá-lo, outro membro da equipe aparece matando-o logo em seguida. Se tratava de Nicholai Ginovaef. A policial confronta Nicholai questionando sua ação e o mercenário apenas responde informando que Murphy iria se transformar em um zumbi logo em seguida. Seguindo novamente seu caminho, Jill chega na subestação de metrô onde é surpreendida por Drain Deimos, criaturas que antes eram artrópodes e foram infectados acidentalmente pelo T-Vírus durante o surto em Raccoon. Após ligar a energia, ainda havia mais uma tarefa: era preciso programar o itinerário do metrô no escritório da companhia responsável. Enquanto seguia para o escritório, novamente, Jill é surpreendida por Nemesis. Um embate ocorre entre os dois, mas a superpolicial consegue chegar ao escritório onde programa o itinerário do metrô finalizando suas tarefas. No caminho de volta a estação de Redstone, Jill se depara com Nemesis infectando zumbis com o Parasita NE-Alpha e tornando eles em novos inimigos.
Enfim de volta a estação de metrô, Carlos afirma a policial que seria preciso mais tempo para que finalizassem a manutenção e religassem o automóvel. Para o azar deles, Nemesis seguiu Jill e invadiu a estação. Ela o atrai para a direção oposta ao metrô e consegue despistá-lo ao descer por um túnel que a leva para os esgotos. Como já era de se esperar como todo local em Raccoon City, Jill descobre que os esgotos também foram usados como local para pesquisa e desenvolvimento de armas biológicas específicas, os Hunters Gamma, monstros que também atormentam sua caminhada pelo local. A linha Gamma teve sua pesquisa encerrada pela Umbrella, porém o chefe da pesquisa adquiriu o espaço subornando o chefe do departamento de esgotos continuando suas pesquisas.
Ao sair dos esgotos, mais uma vez, Nemesis surpreende Jill, porém agora, o monstro estava equipado com um lança-chamas. Jill foge para um prédio em obra inacabada e sobe até o topo do estabelecimento onde trava uma batalha contra Nemesis. Saindo vitoriosa, a policial consegue sair do local e dá bem de frente a rua onde está a Loja de Armas Kendo. Ao chegar no local, encontra Robert Kendo e oferece ao amigo uma opção de fuga de Raccoon. O especialista em armas recusa o convite de Jill. Ele se tranca dentro de uma casa apenas informando o caminho de volta a estação do metrô e pedindo para que Jill se cuidasse. Mas ao se aproximar da propriedade de Kendo, ela entende o porquê do amigo se comportar estranhamente e recusar o convite de fuga. Jill escuta a filha de Robert, Emma Kendo, pedindo ajuda ao pai, entendendo que a menina estava infectada e não havia como o pai deixá-la. Jill deixa uma pequena carta para Kendo oferecendo ajuda caso ele precisasse.
Voltando para a estação do metrô, como se não fosse o bastante, Nemesis surpreende seu alvo. Porém agora, equipado com um lança-foguetes e representando uma ameaça maior ainda. Correndo do monstro e desviando de seus tiros, Jill pede ajuda para Carlos quem monta uma armadilha no posto de gasolina Stagla. Jill e Carlos atraem Nemesis até o local onde o monstro é atacado pelas minas plantadas por Carlos e sofre com uma gigantesca explosão. Parecia que, enfim, Jill havia se livrado de Nemesis e poderia sair da cidade pelo metrô.
29 de Setembro, 2:11 A.M.
Jill, Nicholai e Mikhail ocupam um dos primeiros vagões do metrô. Carlos fica para trás com uma nova missão. Parecia que ela estava a salvo até que Nemesis invade o automóvel matando todos os sobreviventes nos outros vagões. Furiosa, ela tenta atacá-lo, mas é impedida por Mikhail. Na tentativa de fugir, Jill é trancada junto ao líder da U.B.C.S. por Nicholai. Nemesis enfrenta Mikhail o embate resulta no líder acionando uma bomba perto de Nemesis que descarrilha o metrô perto da estação da Torre do Relógio de São Miguel.
29 de Setembro, 2:34 A.M.
A nova missão de Carlos, designada por Mikhail, era de resgatar o cientista Nathaniel Bard, responsável por uma pesquisa para uma vacina do T-Vírus. Segundo emails enviados por uma agente da Umbrella, Bard estaria saindo do Hospital Memorial Spencer a caminho do Departamento de Polícia de Raccoon. Com isso, Carlos e Tyrell Patrick encaminham-se até a Delegacia de Polícia onde presenciam Marvin Branagh sendo mordido por Brad Vickers já transformado em zumbi. Posteriormente, Carlos e Tyrell encontram o escritório dos S.T.A.R.S., onde Carlos consegue entrar em contato com Bard. O cientista, tomado pela fúria, pede para urgentemente por um resgate no Hospital informando que a Umbrella estava assassinando todos os pesquisadores. Carlos fica inseguro de entregar Bard para a companhia. Logo em seguida, Carlos é contatado por Jill pelo rádio informando que o metrô descarrilhou. A policial, depois disso, fica incomunicável e isso motiva Carlos a encontrá-la.
Enquanto isso, Jill estava prestes a chegar na Torre do Relógio quando foi surpreendida por Nemesis, agora em seu segundo estágio de mutação. Ela trava uma batalha contra ele na praça do monumento de Raccoon e sai vitoriosa por algum tempo. Pois quando vai entrar na Torre do Relógio, Nemesis a ataca e a infecta com o T-Vírus. A batalha toda serve para a coleta de dados de batalha das armas biológicas que Nicholai fornecia para a Umbrella e para um novo cliente. Praticamente 12 horas depois, Carlos encontra Jill inconsciente na Torre do Relógio. Ele a leva para o Hospital Memorial Spencer na esperança de que Bard pudesse curá-la.
29 de setembro, 9:20 P.M.
Chegando no Hospital, Carlos percebe que a porta para o escritório de Bard estava trancada com um sistema de reconhecimento de voz. Portanto, ele investiga o hospital a procura de uma fita de gravação de Bard. Durante a procura, confronta os Hunters Beta, uma nova linha de Hunters que foi enviada para Raccoon City justamente para a coleta de dados de batalha. Ao adentrar no escritório de Bard, Carlos se depara com o cientista morto e uma gravação deixada pelo homem.
29 de setembro, 9:20 P.M.
Chegando no Hospital, Carlos percebe que a porta para o escritório de Bard estava trancada com um sistema de reconhecimento de voz. Portanto, ele investiga o hospital a procura de uma fita de gravação de Bard. Durante a procura, confronta os Hunters Beta, uma nova linha de Hunters que foi enviada para Raccoon City justamente para a coleta de dados de batalha. Ao adentrar no escritório de Bard, Carlos se depara com o cientista morto e uma gravação deixada pelo homem.
Nessa gravação, Bard revela que a Umbrella é a responsável por criar o T-Vírus e que eles também estavam matando todas as testemunhas e eliminando quaisquer provas de que o incidente biológico em Raccoon estava sob responsabilidade deles. Isso deixa Carlos furioso e motivado ainda mais a salvar Jill, uma vez que ela sabia a verdade sobre a Umbrella e mesmo assim confiou nele. Carlos adquire uma amostra da vacina e injeta em Jill. O efeito da vacina demora um pouco. Nesse meio-tempo, Tyrell chega no Hospital com a notícia de que o governo americano decidiu esterilizar Raccoon City com um míssil nuclear na manhã do dia 1 de outubro. Seguido dessa notícia, uma horda de zumbis atacam o hospital e sobra a Carlos e Tyrell assegurarem o local. Após isso, Carlos decide ir sozinho até o subsolo do Hospital na esperança de encontrar mais amostras de vacina e convencer o governo americano de que ainda havia uma forma de salvar a metrópole.
01 de outubro, 12:03 A.M.
Jill Valentine acorda de mais um pesadelo e já recebe a notícia de que Raccoon City seria destruída por um míssil nuclear. Ao sair da sala onde estava, encontra Tyrell tentando contatar o governo americano de forma que pudesse fazer um trato de cancelar o ataque nuclear caso as vacinas fossem encontradas. Enquanto isso, Jill segue para o subsolo para encontrar Carlos. É assim que ela descobre que o subsolo do Hospital era uma passagem para instalações da Umbrella.
Jill se depara com Nicholai observando o combate dela com armas biológicas e outros agentes provenientes da infecção pelo T-Vírus. Logo em seguida, encontra-se com Tyrell quem consegue falar com o governo americano e realizar o acordo. Porém, o ataque nuclear só seria cancelado caso fossem adquiridas amostras da vacina. Os dois seguem para o NEST 2, um complexo de laboratórios da Umbrella especial para a criação de armamentos para refrear armas biológicas, pesquisa de vacinas e também desenvolvimento e pesquisa de espécimes com o T-Vírus.
Na entrada do NEST 2, Nemesis surpreende a dupla e mata Tyrell. Sem outra escolha, Jill segue em frente e consegue ter acesso as salas do laboratório com uma chave de acesso. Ao encontrar todos os recursos necessários para criar a vacina, Jill consegue sintetizar uma amostra. Com a vacina em mãos, tudo o que faltava era conseguir encontrar um meio de contatar o governo americano. O problema, como sempre, era Nemesis que a passa a perseguir pelo complexo. Quando ela chega em uma área de descarte biológico, se depara com Nicholai que obtém a amostra da vacina e a joga em uma arena com Nemesis a fim de que os dois travassem uma batalha e Nicholai adquirisse mais dados de combate do monstro. Durante a batalha, Carlos ajuda Jill a derrotar o monstro e logo em seguida inunda a sala com ácido dando um fim no inimigo.
Após a batalha, Jill corre atrás de Nicholai e quando finalmente o encontra, Nemesis a surpreende mais uma vez. O ácido fez com que Nemesis sofresse mutações se tornando uma criatura gigantesca e tomando conta de toda a sala de combate onde Jill estava. Nicholai sai correndo pelo ataque nuclear estar próximo. Jill pede a Carlos que siga o mercenário, enquanto isso, ela iria lutar contra Nemesis prometendo que seria a última vez.
Utilizando o FINGER, um canhão de ferromagnético criado pela Umbrella em parceria ao Exército dos Estados Unidos para repressão de novas armas biológicas, Jill consegue causar um grave ferimento em Nemesis. Para que o FINGER tivesse a sua melhor performance, era preciso de mais energia. Contudo, Jill passa a batalhar contra Nemesis e a ligar as fontes de energia. Quando tudo está acionado, Jill consegue aniquilar, de uma vez por todas, Nemesis.
Após a batalha, Jill segue para o topo do estabelecimento para recuperar a amostra da vacina de Nicholai. Ao chegar no topo, se depara com Carlos desnorteado perto a um helicóptero. Quando vai socorre-lo, Nicholai aparece dando um golpe. Após isso, Nicholai destrói a amostra da vacina informando que seu novo cliente pedia para colocar a Umbrella abaixo. Ao ouvirem um sinal de que o míssil nuclear estava a caminho, Carlos ataca Nicholai e o imobiliza dando a chance para Jill atirar no mercenário. Feito isso, Carlos prepara o helicóptero enquanto Jill questionava Nicholai por ter destruído a vacina e para quem ele estaria trabalhando. Nicholai promete respostas e fortuna a Jill caso o tirassem dali. Mas Jill, obviamente, recusa o acordo informando que poderia investigar sozinha.
Alguns minutos depois, Jill e Carlos presenciam o fim de Raccoon City com o míssil explodindo no coração da cidade e marcando uma grande nuvem de cogumelo no horizonte. Tudo havia finalmente acabado e Raccoon City não existia mais. Se despedindo da cidade, Jill conseguia sentir apenas vazio e frieza com o calor da explosão. Ela sabia que todas as mortes de Raccoon não ocorreram por causa do T-Vírus, mas sim por ganância humana. Foi nesse momento que Jill Valentine decidiu que as cinzas de Raccoon City seriam as cinzas da Umbrella também. Ela acabaria com a corporação de uma vez por todas.
